周防大島（すおうおおしま）は、山口県東南部に位置する瀬戸内海で3番目に大きな面積を誇る島で、大畠瀬戸に架かる大島大橋によって本土と繋がれています。年間を通じた温暖な気候により「みかんの島」として有名で、自然環境に恵まれた人情あふれる島です。また、歴史・文化も豊富でシーボルト上陸記念碑や民俗学者「宮本常一」の記念館、戦艦陸奥の記念館等があります。

海域には、瀬戸内海の生態系の頂点に位置する「スナメリクジラ」が生息しており、エコツアーではクルージングでウォッチング・ポイントに向かいます。（当協議会のデータに基づいてスナメリが出現しそうなポイントに向かいますが、必ずスナメリを見ることができるわけではありません。）また、南沖合の地下室（じかむろ）～小水無瀬島（こみなせじま）には、日本一の「ニホンアワサンゴ」の群生地があります。ニホンアワサンゴ・ウォッチングでは、ダイバーさんに潜水していただき、水中カメラで撮影したライブ映像を船上モニターで観察します。

周防大島の地下室（じかむろ）から外入（とのにゅう）をつなぐ古道・往還道は絶好のトレッキング・コース。豊かな自然の中に歴史と文化が融合しています。古道・往還道にはロマンある昔話や怪談も多くあり、道中にはいわれのある奇岩も残っています。

松山市の沖合に浮かぶ忽那（くつな）諸島の島々の中で一番面積が大きく、人口が多いのが中島（なかじま）です。歴史は古く、奈良時代には法隆寺領の荘園として「骨奈嶋」、平安時代には牛馬の放牧地として「忽那嶋」の名が見え、中世に記された『忽那嶋開発記』によれば藤原道長の後裔親賢がこの地に配流され、その子親朝が寛治年間（1087～94）に忽那諸島を開発したとされています。南北朝時代から戦国時代にかけて豪族忽那氏が勢力を振るう拠点となりましたが、秀吉の天下統一で消滅し、その後は畑作や海運業で栄える島として歴史を刻んでいきます。
中島にある桑名神社には、40数枚の絵馬が保存されています。桑名神社の船の絵馬は文化・文政・享保など江戸時代の絵馬が主です。
船の絵馬は、忽那水軍や倭寇交易の名残りを伝えるものとも考えられ、中島諸島における海運界の往時を偲ぶばかりでなく、瀬戸内海の交通・交易研究にも欠かせない貴重品です。

大水無瀬島（おおみなせじま）は約50年前から無人島となりました。戦前は小学校の分教場があり、戦中は兵舎、戦後は復員兵の居住地となっていましたが、現在は木が生い茂っています。昔、家屋があったであろう場所には、井戸の跡や神社跡などが残っていますが、古くからの神社も宮司の方が不在のため、祭事も行うことができないという問題も抱えています。

エコツアーでは、無人島体験の一環として、原始的な植物や野鳥、火山島の溶岩塊の観察等を実施しています。

瀬戸エコ協では、小学校を対象とした環境学習を実施しており、2015年（平成27年）からは、三原市立木原小学校の５・６年生を対象に、スナメリ・ウォッチングやニホンアワサンゴの観察を中心とした環境学習教室を実施しています。スナメリ・ウォッチングでは、瀬戸エコ協が収集・情報発信しているスナメリ目撃情報に基づき、船で対象水域に向かいます。このスナメリプロジェクトは、緑化や自然体験などの環境学習活動の実践を通じて、自然環境の保全と改善に関する子ども達の意識向上を図ることを目的とするものです。ニホンアワサンゴ観察では、水中の様子をダイバーさんに現地で撮影していただき、普段見ることができない海の中の様子やニホンアワサンゴの様子を船上モニターでお見せしています。また、無人島（鯨島）体験では多くの潮間帯生物や海辺の植物、鳥類等の観察を実施しています。